实验室污水处理设备主要针对科研、检测、院校实验室产生的综合实验废水进行处理，可处理废水种类较多，但需要区分综合废水与严禁进入设备的高危废液，不能将所有实验室废液直接排入设备。
首先是酸碱类废水，也是实验室最常见废水。化学实验、样品前处理、器皿清洗过程会产生大量酸性废水，如盐酸、硫酸、硝酸、磷酸废液；碱性废水包括氢氧化钠、氢氧化钾、氨水等废液。设备一般配备 pH 自动调节系统，通过投加中和药剂，将废水 pH 调节至达标范围，中和反应后去除大部分游离酸、碱，降低水体腐蚀性。这类废水占实验室日常废水的绝大部分，只要浓度不是极高，都可以进入设备处理。
其次是重金属类废水。环境检测、材料、理化实验室在样品消解、重金属检测实验中，会产生含铜、锌、镍、铅、镉、铬、汞等重金属离子废水。设备通过絮凝、沉淀、吸附等工艺，将溶解态重金属转化为固态沉淀物，经过固液分离去除重金属。但要注意，高浓度重金属原液不能直接进设备，需要预先稀释，否则会超出设备负荷，影响处理效果。
第三类是普通有机废水。食品检测、生物、理化实验室产生的低浓度有机废水，包含少量醇类、酯类、糖类、有机酸等物质，比如器皿清洗残留的乙醇、丙酮稀溶液。设备可通过氧化、催化氧化、活性炭吸附工艺降解有机物，降低 COD。仅低浓度有机溶剂清洗废水可以处理，高浓度原液严禁排入。
第四类是含悬浮物、色度废水。样品离心上清液、样品残渣冲洗水，含有细微固体颗粒，废水浑浊带颜色。设备内设置沉淀、过滤单元，去除悬浮颗粒物，降低出水浊度与色度。部分含低浓度氟化物、磷酸盐废水，也可通过沉淀工艺同步处理。
需要重点说明设备不可处理的废液，这是安全运行关键。第一，高浓度有机溶剂，比如纯丙酮、甲醇、氯仿等，挥发性强，易造成设备爆炸风险；第二，强氧化性、强还原性物质，如高氯酸、双氧水原液；第三，剧毒废液、放射性废液；第四，含大量油脂的废液；第五，过期试剂原液、高浓度危废母液。这类物质属于危险废物，必须单独收集，交由有资质危废单位处置，不能进入污水处理设备。
不同实验室污水处理设备工艺配置不同，处理能力有差异。选型时要根据实验室废水成分、浓度、日排水量定制。日常使用时，实验室要做好废水分类收集，提前预分高危废液，再将符合进水要求的综合废水排入设备，才能保障设备稳定运行，保证出水稳定达标，满足环保排放要求。